日本にポニーベースボールが紹介されたのは、昭和49年に当時カリフォルニア州ロサンゼルス市で 米国ポニーリーグのフィールドディレクターをしていた故ミルトン・デュベイン氏が知人を通じて初代日本協会理事長の伊藤慎介に紹介したのが始まりです。

その後、伊藤を中心に発足準備が始まり昭和50年5月5日の子供の日、日本ポニーベースボール協会として川崎球場で第1回の日本選手権 大会を開催致しました。翌年にはブロンコリーグ(U-12)も発足致しました。発足の年の8月、日本ポニー代表は日米親善大会のため渡米。ロサンゼルスを中心に7試合を行い3勝4敗。それ以降来日と渡米が1年ごとに繰り返され現在まで40回を超える伝統を継続しています。

また、世界に組織を有するポニーリーグでは毎年米国でポニーワールドシリーズが開催され全米に生中継されています。この大会の予選であるアジア太平洋地域選手権大会にも日本協会も毎年参加し35回を超える出場を果たしています。2013年にはポニーワールドシリーズで日本チームが世界一に輝き、今でも野球殿堂博物館に優勝トロフィーや当時のユニフォームが展示されています。

このような国際的な活動がアメリカ合衆国の歴代大統領から評価され、レーガン大統領からホワイトハウスへ招待を受けたのをかわきりに、ブッシュ・クリントン・オバマ大統領からもホワイトハウスへの招待状を拝受されています

ポニーリーグは、1950年秋、米国ペンシルバニア州ワシントンで誕生しました。

ポニーリーグは13才及び14才の少年（中学生）によって構成される野球リーグです。ポニーは英語で子馬を意味し、中学生の若々しく元気な姿を連想して名付けられたといわれます。またPONYの頭文字にはProtect Our Nation’s Youth-国の青少年を守ろう-という精神が込められています。2年後の1952年には全米に広がり、全米選手権大会が開催されました。

その後、ポニーリーグを母体として組織は拡大され、コルトリーグ（15才～16才）、ブロンコリーグ（11才～12才）が追加加入され、米国ボーイズ・ベースボール協会と呼称されました。（現在はシェットランドリーグ、ピントリーグ、マスタングリーグ、パラミノリーグが追加され7階級に分かれています）

また広く海外にも渡り、30カ国までに地域を広げ、毎年世界選手権大会が開かれるようになりました。

日本では1975年（昭和5０年）、米国ボーイズ・ベースボール協会ポニーリーグ公認のもと、日本ポニー・リーグ野球協会が結成され、更に翌年には小学生高学年を対象としたブロンコリーグが加わり、改称ののち、現在の日本ポニーベースボール協会となりました。2014年には日本硬式少年野球連盟（ジャパンリーグ）と統合し新たな出発を果たしています。

結成以来、ポニーリーグ（中学生）、ブロンコリーグ（小学高学年）ともに世界のチームと試合を繰り返しています。